Seminario de Física Teórica
Fecha: Viernes 19 de Abril de 2013, 2:00 pm
Lugar: ICIMAF, Calle E esq. a 15, Vedado
Ponente: Marta R. Soto (ICIMAF)
Título: Acoplamiento molecular utilizando algoritmos con estimación de distribuciones
Resumen: El acoplamiento molecular consiste en predecir la geometría de enlace de dos moléculas: frecuentemente, una proteína (molécula receptora) y un ligando. El problema lo abordamos desde la perspectiva de la optimización evolutiva utilizando algoritmos con estimación de distribuciones (Estimation of Distribution Algorithms, EDA). Estos algoritmos estiman un modelo probabilístico de las mejores soluciones de cada población (de acuerdo a la función objetivo o de costo) y generan las nuevas poblaciones mediante simulación de los modelos previamente estimados. En este trabajo, los modelos probabilísticos utilizados se basan en la teoría de cópulas. La función objetivo que utilizamos es la implementada en Autodock 4.2, donde la energía de acoplamiento total se expresa como la suma de las interacciones entre el receptor y el ligando (energía de interacción intermolecular) y las interacciones entre los átomos del ligando (energía intramolecular del ligando).